Os controllers são arquivos que contém funções para criação das páginas da sua aplicação. Cada função define uma página diferente e as funcionalidades de cada uma dessas páginas. A partir deles, você fará a interação da página com o banco de dados e retornará para a página os valores que ela utilizará.
Você já descobriu o controller appadmin que funciona como gerenciador de banco de dados. Além dele, a aplicação Welcome vem com o controller default.py. Ele possui páginas prontas para as funções primordiais, como funções de usuário (login, logout, esqueci a senha, etc), download e a página index. Nele também podem ser criadas novas páginas ou, se preferir, isto pode ser feito apenas em um novo controller.